一、分类原则定性不当，与一级类目设置反差太大
《规则》第三条称，“工业企业档案分类原则是以全部档案为对象，依据企业管理职能，结合档案内容及其形成特点，保持档案之间的有机联系，便于科学管理与开发利用。”“企业管理职能”是《规则》规定的工业企业档案分类的依据即标准。对分类依据的这一定性，与一级类目的设置大相径庭。在一级类目中，只有“党群工作类”、“行政管理类”、“经营管理类”和“生产技术管理类”四类是按“企业管理职能”设置的，而“产品类”、“科学技术研究类”、“设备仪器类”和“基本建设类”四类是按档案种类(科技档案一门中的四种)设置的，“会计档案”和“干部职工档案”则是按档案门类设置的。这就是说，一级类目是将三部分档案分别按三种依据分类设置的，其中按“企业管理职能”设置的类目只占一级类目的40％，按档案门类和种类设置的类目却占一级类目的60％。抛开同一次分类可否有两个或两个以上的依据不说，只就按“企业管理职能”设置类目比按其他依据设置类目少得多而言，《规则》对工业企业档案分类原则以“企业管理职能”为依据的定性是不准确的。
也许有人会说，一级类目后六类中的档案是在企业的一定职能活动中形成的，尽管类名并不似企业管理职能，也可视作按“企业管理职能”设置的。但后六类档案是分别在党群工作、行政管理、经营管理和生产技术管理中形成的档案的一部分，怎能在按“企业管理职能”设置“党群工作类”、“行政管理类”、“经营管理类”和“生产技术管理类”之后又设立与之并列的其他六类呢?一级类目都是按“企业管理职能”设置说显然不通。一级类目可否按《规则》设置可以商榷，但其分类依据定性不准毋庸置疑。
《规则》除规定以“企业管理职能”为分类依据外，还规定要“结合档案内容及其形成特点”分类。“结合”说是不能成立的，一次分类只能使用一种依据，使用两个以上的依据，或以一个依据为主，结合其他依据，分类就无法进行。事实上，《规则》一级类目是无形中将企业全部档案分成“文书档案”、“科技档案”和其他门类档案三个部分，分别按照三种依据分类的，而不是三种依据的结合。
二、部分二级类目设置欠科学，档案归类难
《规则》第五条规定：“工业企业档案分类二级类目按照企业管理职能和档案特点设置。”按照“企业管理职能”分类设置二级类目，无疑只适用于“党群工作类”、“行政管理类”、“经营管理类”和“生产技术管理类”等四个一级类目档案。但是，《规则》第六条“1”规定“党群工作、行政管理、经营管理、生产技术管理类的二级及二级以下类目一般按问题或组织机构设置”，“企业管理职能”无论与问题还是组织机构都不具有同一性，不是同一个分类依据。从某种意义上说，第六条“1”是第五条按照“企业管理职能”分类的否定。这种自我否定不仅是不应出现的，而且对一次分类提出前后两种不同依据，档案的分类其实也无法进行。
对工业企业的档案的分类工作来说，重要的也许不是《规则》各条款的文字规定，而是《规则》的附表——《工业企业档案分类表》。工业企业一般要严格按附表行事，只有部分工业企业可以根据档案实际情况增减某些类目。但是，附表中部分二级类目设置不科学，工业企业在对档案进行分类时，一些档案无类可归，一些档案又不知道归入哪一类好，归类难的问题不可否认。
在“党群工作类”下，既设置了“党务工作”，又设有“组织工作”、“宣传工作”、“统战工作”、“纪检工作”等类目。“党务”是指“政党内部有关组织建设等的事务”(《现代汉语词典》第5版，第273页)。组织、宣传、统战、纪检工作都属党务工作。很明显，这些类目是不能与党务工作类目并列的。有关党务工作的档案都归到“党务工作”类目中，组织、宣传等类目就无档案可归了。用规定各类目所属档案的“基本范围”来解决类目设置不严谨、不科学的问题，也不是什么好办法。例如，党委办公室工作大量不是党务工作，其形成的档案却列入其中了。还有，明知“其他事务性工作”不是党务工作，也列入“党务工作”的“基本范围”之中，就更没有道理了。另外，“党委综合性工作”、“党员代表大会或党委其他有关会议”形成的档案，有许多不纯粹是关于党务工作的，归人“党务工作”类不准确，不归入“党务工作”类又无类目可归，使工业企业档案分类处于两难境地。党委会和党代会的文件(如党代会上的纪检工作报告)，按二级类目设置应归人“纪检工作”类(这会破坏会议文件之间的联系)，按“基本范围”应归人“党务工作”类，这也是一大难题。“行政管理类”、“经营管理类”和“生产技术管理类”下二级类目设置也存在与“党群工作类”类似的问题。
三、《规则》对档案法律法规、标准和有关理论的强烈冲击
《规则》中“党群工作类”、“行政管理类”、“经营管理类”和“生产技术管理类”是对文书档案的分类类目设置，“产品类”、“科学技术研究类”、“基本建设类”和“设备仪器类”是对科技档案的分类类目设置。《规则》不使用“文书档案”、“科技档案”无疑是经过考虑的。但因隐去了“文招档案”和“科技档案”这两个概念及其对两者实质上的分类事实，《规则》就对档案法律法规、标准和理论都造成了很大的冲击。
《规则》避免使用“文书档案”和“科技档案”这两个概念，对档案法律法规、标准有很大的冲击。在档案法律法规、标准体系中，《规则》是一个下位规则，应当与上位法律法规、标准相符。然而事实却不是这样。例如“科技档案”这一概念，在《规则》发布前的《科学技术档案工作条例》(1980年)、《国营企业档案管理暂行规定》(1987年)这两部规章中都使用了“科学技术档案”(简称科技档案)这一概念，后者还称“企业档案是企业在各项活动中形成的全部档案的总和。其构成是以科学技术档案为主体”。《规则》竭力避免使用“科技档案”这一概念与此相悖。在《规则》发布后实施的《科学技术档案案卷构成的一般要求》(2000年12月)、《档案工作基本术语》(2000年12月)等规范中，仍然在使用“科技档案”这一概念，《规则》并未能起到想要起的企业档案工作不再使用“科技档案”这一概念的作用。 《规则》对理论的冲击有两个方面：
一是对分类逻辑原则的冲击。《规则》规定，“以全部档案为对象”是工业企业档案分类原则的首要内容。以企业全部档案为分类对象的，只能是一级分类，即首次分类，二级及二级以下的任何一次分类都是以企业某一部分档案为对象的。一次分类只能使用某一种标准，这是对任何事物进行分类所必须遵循的逻辑原则。《规则》所设置的十个一级类目，分明是使用企业管理职能、档案种类、档案门类三种标准分别对部分档案进行分类的结果，而不是某一种标准对全部档案进行分类的结果。这是违反分类的逻辑规则的。档案分类及类号层次过多，对档案的管理和利用不利。确有必要减少档案分类及类号层次，一级类目中不出现“文书档案”和“科技档案”两个类目，分别将其二级类目作为一级类目，也应当在《规则》的有关条款中加以特别说明。《规则》对工业企业全部档案进行一级分类违反分类规则，这毋庸置疑。
二是对档案学理论的冲击。“名无固宜，约之以命，约定俗成谓之宜，异于约则谓之不宜”(《荀·正名》)。事物的名称经过群众在长期的社会实践而共同认定或形成，这在许多学科中都是存在的。尽管在上世纪80年代初就有人对“文书档案”和“科技档案”这两个概念的科学性提出过质疑，因是约定俗成的，一直以来仍然被大家遵守和沿用。近几年来，出现了“科技档案”“淡化”和“式微”论，可以说这是缘自《规则》的。因为“淡化”(“式微”)论者认为，“企业档案”概念的出现是“科技档案”概念“淡化”(“式微”)的主因。尽管企业档案并不都是科技档案，科技档案也不是全部产生于企业，但因《规则》提出“企业档案”这一概念而摈弃“科技档案”这一概念，一些人这样认为并不是没有道理的。
四、适用《规则》的企业十分有限
《规则》规定“本规则适用于全国工业企业”，而实际只适用于形成档案多的大型、特大型工业企业，因分类层次多和类目设置过多，中小型工业企业和形成档案不多的大型企业均不适用。规模不大，档案不多的中小型企业如强行实施《规则》，一些类目的档案会寥寥无几，一些类目甚至会空置以待有朝一日有关档案的形成。这不是根据档案的实际情况进行的科学分类。《规则》虽然规定企业可以结合实际增加或减少二级类目，但增减过多以致与《规则》大相径庭，就不是实施《规则》了。其实，《规则》应附《大型工业企业档案分类表》和《中小型工业企业档案分类表》，使之具有广泛适用性。
五、工业企业档案分类过于复杂
档案分类应当尽量简化、实用。然而，《规则》却使工业企业档案分类变得更加复杂了，档案归类更难了。不少企业档案工作人员因不知一些档案该归入哪类而烦恼。档案分类不宜过细，这是因为，在广泛使用电子计算机等现代化工具的大中型企业，即使档案再多，只要进行一定的分类和整理编目，档案管理特别是检索利用已经变成易事；在尚未使用电子计算机等工具的小型企业，由于档案数量少，用手工管理、检索档案也无多大困难，分类复杂，类目过多，反而会使管理和检索变得困难重重。
六、按档案保管期限分类存在弊端
按保管期限分类，便于对档案的保管和鉴定销毁，被档案馆纳入接收范围的企业，还便于档案的移交进馆。按现行《规则》设置档案分类类目，虽然一部分档案实际上已分开了不同保管期限(如会计档案)，但大部分则未分开不同保管期限，如党群工作类、行政管理类、经营管理类和生产技术管理类。按保管期限进行分类，就必须相应减少其他层次的分类，才能避免档案分类层次过多和类目设置过多的问题。如《规则》附表前四类已有属类34个，对中小型工业企业和档案不多的大型工业企业来说已经够多了，若再按保管期限分类，就要设102个类目，实在是太多了。因此，要按档案保管期限分类，应当相应减少其他分类层次。
此外，《规则》中还存在其他一些问题。如前言中说是面向“企业”制定本《规则》，而《规则》名称和各条款又仅限于“工业企业”。《规则》存在的问题，应当通过修改来解决，使之成为科学而实用的工业企业档案分类规范。
