学科概念与学术机构的设置和管理手段的运用
1.学科体系欠规范
高等教育行政管理学作为一门学科，始于20世纪80年代初期，由于时间较短及其他多种原因，高等教育行政管理学学科体系不成熟，比如最基本的"管理"概念也是众说纷纭难以形成共识。因此，由于概念界定和理解不一，对同一论题的研究常常缺乏统一的立论基础，不能形成共识。
2.校、院（系）两级学术管理机构不健全，往往用行政管理代替学术管理
大学内部的权力集中在校、院（系）的行政领导和职能部门。校、院（系）行政管理机构承担着学校大部分管理工作。现有校、院（系）级的专门学术管理机构不多，而且主要是从事学位评定、职称评审等学术管理工作；而在学术规划的制定，学科建设战略及相关学术政策的制定等许多重大问题上，依然采取行政的方式。即：由行政领导临时组成一批教授和行政人员做出决策。例如：我们材料学院为了吸引更多的学生，便于招收更多的生源，将以前的铸造、塑性成型、焊接、金属材料等老专业合并成材料科学与技术和材料成型及控制工程两个新专业。专业课程也作了新的调整，通过整合，学院招生人数增加了。可是到了学生毕业分配时新的问题出现了，即学生找不到合适的单位。原因是：专业概念太模糊。企业需要专业人才，而我们通过整改后的专业不是很专，培养的学生在“铸造、焊接、金属材料及热处理和模具设计与制造等方面都略懂一点，但不是很精通。像这样一些学科建设性的重大问题，应该通过学术权威组织进行论证、审查后，提出可行性方案，并根据方案提出资源配置的建议，最后提交给学校最高行政机关决策。”
3.教师参与学校决策和管理的问题
大学的管理结构应有完善的决策执行系统、参谋咨询系统和监督反馈系统，这三方面的机构与制度应相互促进，形成良性循环。在这些方面，大学应充分调动教师特别是教授和业务专家参与学校学术管理，发挥他们的作用。但长期以来，我国大学内部领导体制是校行政系统在学校领导工作中起着主导作用，忽视教授参与学校管理决策，即便有，占的比例也极少。教授是高校的学术精英，他们的意向最能反映大学的学术立场，教授是否参与学校的学术管理、行政管理以及参与的程度是衡量高校内部管理民主决策机制是否健全的一个重要标志。既然高校具有学科和事业行政单位双重权力的矩阵结构的特点，为了使两种权威能够更好地协调和结合，就要创造一种组织形式，尽可能多吸收教学、科研人员，特别是各学科、专业的教授参与民主管理。对于合并后的大学，涉及的专业面较广，作为校级领导他可能在某一专业方向颇有建树，但不一定是通才。因此，多吸收各学科、专业的教授参与民主管理是非常必要的。
改革行政管理方式加强我国大学学术管理的对策
加强大学的学术管理，完善大学内部管理机制，已经直接关系到我国大学的发展能否进一步适应新时期中国社会经济发展的需要，成为管理体制改革的当务之急。但是，要让大学的管理者从长期习惯的行政管理方式转移到以学术管理为中心的轨道上来，决不是一件容易的事。我们认为，建全大学学术管理机制，只能采取渐进的方式，逐步加以解决。笔者认为可以采取如下的具体措施：
第一，实现观念转变，重视学术管理，营造浓厚的学术气氛，让教师参与学校管理。大学的兴衰以各学科的教、科、产综合效益为尺度，各学科的教师对如何办好大学应有无可争议的发言权。教师参与管理不仅能更好地掌握教育和研究工作的规律，提高管理效率，而且能增进教师与行政管理人员之间的相互理解，更重要的是对促进学术的繁荣，推动学校的教、科、产的发展起着积极的作用。调动广大专家、学者参与学校管理的积极性是加强大学学术管理的基础。
我们华中科技大学在20世纪70年代后期（当时称华中工学院）的实践就证明了这一点。从1977年8月开始，历时半年多，学校组织了一大批名教师对国外一些著名大学的教学、科研的情况进行了一次广泛深入的调查研究。这次调查着重分析美国著名大学的情况，各系、各部门参与调查的教师、干部写出了数十份调查报告。在此基础上，学校发动教师、干部把本校同世界著名理工大学的情况进行对比分析，找差距，订措施，于1978年4月提出了一份《我院同世界著名理工大学的差距和赶超的主要措施》。这次调查活动也是一次解放思想、坚持实事求是的科学精神、探索高等教育发展规律的大规模学术研究和决策活动。
第二，健全学术管理机构。首先，建立专门的学术管理组织。可分为两种形式：①校、院、（系）各级学术委员会由在国内外学术界享有较高学术威望的资深教授组成。校学术委员会是大学的高层参谋咨询机构，着重参与讨论整个学校的发展规划及重大问题，其成员应经过民主选举产生，而不是由上级任命。各院、系的学术委员会由各学科和专业的权威教授组成，着重商讨学科规划和院、系的发展规划及其有关问题。②发挥校、院（系）务委员会的作用。教授参与决策可以通过校、院（系）务委员会来实现。校务委员会应成为教授和行政人员共同参与关于学校发展的若干重大问题的决策机构，而不仅仅是咨询机构和审议机构。校、院（系）决策机构的成员中，教授（指不兼行政职务的教授）所占比例应在50%以上。
第三，优化行政管理机制，实现管理重心下移。大学行政管理应当把重点放在学校建设重大问题的统筹规划和协调上。行政机构要“消肿”，理顺责、权、利的关系，明确行政部门的服务职能，提高行政人员的素质，特别是要树立为教、科、产服务的观念，重视学术管理。
学校一级要简政放权，让院、系一级真正拥有更广泛的管理权力，是符合大学组织管理特点的。
第四，建立制度保障体系。①健全规章制度，加强决策前的咨询论证，即明确校、院（系）学术委员会的职责。规定校一级重大学术管理问题包括学位和职称评审、学科发展规划，各院（系）专业发展规划和资源配置等内容的决策应在教授组织和职能部门中征求意义后，提交校学术委员会，经过专家论证后才能提交学校最高决策机构；院（系）学术委员会通过专家教授论证本学科规划后才能提交到校学术委员会，同时，校、院（系）学术委员会对学校最高决策机构有监督权。
②加强监督反馈。学术委员会定期开展活动，校、院（系）各级领导应定期向各自学术委员会汇报工作；学术管理机构定期审查学科发展规划年度执行情况，如经费问题、研究阶段性成果等形成一定的工作程序。
