为加快科技自主创新，近几年国家出台了一系列税收支持政策，产生了良好的社会效应。但随着形势的发展，现行税收优惠政策也暴露出一些问题，如缺乏实质性间接税收优惠政策，对研发环节支持有限，有的优惠政策的限制条件过多，某些标准和认定方法需要进一步明确。

为此，要建立有利于促进科技自主创新的税收政策激励机制。借鉴国际经验，实行以间接优惠为主的税收激励政策。采取加速折旧、投资抵免、亏损弥补、费用扣除、提取技术开发准备金等间接优惠方式，激励企业加大科技投入和加快设备更新。将税收优惠的政策重点调整至研发环节。如，提高技术开发费加计扣除比重，放宽技术开发费加计范围 ；允许符合条件的企业按其销售收入的一定比例提取科技开发基金，建立科技开发准备金制度 ; 对处于研发阶段的企业减免其用于研发的房产和土地税收。

实行更优惠的企业所得税激励政策。从开始获利年度起给科技创新企业设置免税期，并在缴税期适用 15% 的低税率 ; 允许科技创新企业将亏损弥补期限延长至 7 年 ；对科研活动使用的先进设备、专用装置、房屋实行加速折旧 ；企业购置并在生产过程中实际使用的科技创新专用设备，按投资额的 10% 允许从企业当年应纳税所得额中抵免。实行更有利于引进和培养科技人才的个人所得税政策。对高科技人员在技术成果和技术服务方面的收入，按应纳所得税额减征 30% ；对自主创新示范区内科研人员从事研究开发取得特殊成绩获得的各类政府奖励津贴免征个人所得税 ；对科研开发人员以技术入股而获得的股权收益，减半征收股息红利个人所得税。

建立规避自主创新投资风险的税收政策体系。不分投资来源，对创新成果所得的收入均给予所得税、营业税等免征或降低税率优惠。企业将投资高新技术获得的利润再用于高新技术投资的，均退还其用于投资部分利润所对应的企业所得税。在经济主体采购和使用创新成果的相应成本中，应扣除高新技术企业所享受的税收优惠部分，降低经济主体采用技术创新的风险。

允许国家自主创新示范区根据自身经济发展特色，“先行先试”一些区域性税收激励和扶持政策。在个人所得税政策方面，区内从事光电子信息、生物、新能源、环保、消费电子产业且拥有自主知识产权的科技型企业，将非货币性资产评估增值，未分配利润、盈余公积、资本公积，以及以股权形式给予本企业人员的奖励转增个人股本的，向主管税务机关备案后，可在个人取得股权分红派息时一并缴纳个人所得税。各级政府给予掌握自主知识产权核心技术个人的各类奖励或资助，凡用于创办或投资高新技术企业的，向主管税务机关备案后，在个人取得股权分红派息时一并缴纳个人所得税。

在企业所得税政策方面，高新技术企业用其税后利润直接投资于本企业增加注册资本，或投资开办其他高新企业，被投资企业经营期限大于 5 年的，按 40% 比例退还其再投资部分已缴纳企业所得税税款。高新技术企业从事技术开发业务和与之相关的技术咨询、技术服务业务所得，比照技术转让业务所得政策执行。私募基金、风险投资基金管理公司和其他合格投资人投资科技型中小企业所获收益，3 年内免征所得税，5 年内减半征收所得税。

在房产税和土地使用税政策方面，对在项目建设初期未投产的拥有自主知识产权的科技型企业，暂免征收房产税和土地使用税，但免税期最长不超过 3 年。在其他行业优惠政策方面，继续执行大学科技园、科技孵化器的系列税收优惠政策，不再设定优惠政策年限或至少延长执行该政策 3年以上。经科技部、教育部认定并取得资格的科技型企业，凭两部委下发的通过某年度有关税收政策审核文件，即可享受当年政策规定的房产税、城镇土地使用税、营业税优惠政策，不再设定其他条件。合作担保机构向高新技术企业提供融资担保时，每年新增担保额所对应担保费收入免征营业税。高新技术企业主持修订国际标准、国家标准、行业标准等取得的各级政府奖励或补贴，免征企业所得税。

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