财政预算体制存在的问题较多, 主要有以下八个方面。
　　1、生产建设和吃饭养人特征较为明显, 还不是一个完全的公共服务型财政, 是一个生产建设和行政管制性的财政。表现为各级财政的支出结构中, 生产建设和行政公务的支出的比重较大, 效率较低的一些本应由社会来办的事业所消耗的支出较多; 而教育卫生、社会保障、社会治安、生态环境、城市管理等公共需要方面的支出不足; 特别是预算内外公车、招待和出国三项费用开支比率较高, 群众意见较大。
　　2、预算不完整。政府、司法和国家权力部门 1 万多亿的收费, 8000 多亿的社会保障基金, 地方政府每年大约 5000 亿左右的土地收入, 包括国有资产的收益,都没有纳入国家预算之内。游离于预算之外的收支, 占国家实际收支的 50%以上; 财政收入和支出分散在各部门之中, 国家财政部门化的趋势越来越严重。
　　3、财政收入占 GDP 比重较高, 企业税费负担较重, 不利于鼓励创业和扩大就业, 不利于增加居民收入和国内消费需求。目前, GDP 实际财政税费收入负担率已经超过 30%, 大大高于发展中国家所能承受的上限; 并且, 从企业所交纳的综合税费看, 与世界各国比较, 负担很重。
　　4、中央与地方的财政税收关系没有理顺。中央与地方各级政府的各自应当承担的事务界定不清; 中央和地方的税收划分不合理, 有收入向上层层集中, 事务层层向下加重的趋势, 相当多的基层政府财政陷入困境; 中央向地方的一些转移支付不规范、不透明; 财政层级太多, 消耗财政资源较多, 并且截留中央向基层转移支付的资金。
　　5、财政显性、隐性和或有债务率较高, 据有关专家计算, 达年度 GDP 的 120%左右。包括中央财政赤字和债务, 地方政府的显性、隐性和或有债务, 一些最后需要政府出面承担的国有企业的债务, 银行和非银行机构中需要国家负责和兜底的债务等等。
　　6、财政收支不透明, 不公开。各级财政交由同级人大的财政报告, 或过于简单, 或科目杂乱, 人大代表看不懂、审不明; 50%多的政府收入没有进入财政预算, 没有提交人大进行审查; 转移支付不透明和不公开, 跑“部”钱进的势态越来越严重。
　　7、现行税制不合理, 是导致地区发展不平衡的一个基础性的原因。一是向企业征收的增值税。税收是一种价格的转移, 因为东部地区企业多, 中西部地区消费者多, 在购买中, 相当于西部的购买者给东部的企业交了税, 而如果是在当地实现增值税, 这部分收入就给了当地的税收收入。二是对于中西部资源生态地区, 资源税率定得很低, 都变成企业的利润, 或上交中央了, 或变成税收上交中央了, 或由于没有征收足够的资源税, 变成东部加工工业地区的利润和税收;并且对于一些三江源等这样的生态保护区, 没有全国性和中下游的生态补偿转移机制, 下游可以大发展,而上游为了保护水源等而不能建工业, 限制其发展。
　　三是在出口退税方面, 国内销售没有退税, 出口就有,而出口企业 80%以上都在东部, 退税就退在东部, 实际上相当于减少了东部企业的负担, 东部企业竞争力就比中西部地区高得多。四是内外资所得税不合理,内资 33%, 外资 15%, 外资企业一般分布在东部, 这样东部地区的相当数量的企业竞争力要远远高于中西部。这三项税收制度造成的中西部发展的不平衡, 其负作用实际上远大于西部大开发等形成的正效应。税制不改革, 东中西部不可能平衡发展。
　　8、没有形成科学和有效的财政收入和支出的制衡机制。纳税纳费、收税收费、使用税费各方之间没有科学的博弈、制约和平衡; 进而财政收支和预算的协商、讨论、汇集、编制、执行、监督等各环节之间也没有形成科学的博弈、制约和平衡; 一些政府预算, 特别是基层政府的预算, 在人大讨论时存在着走过场和走形式的情况; 特别是财政编制和审批年度与预算执行年度不相符合, 3 月人大审批和批准预算时, 预算实际已经执行了一个季度。

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