马克思主义理论学科建设相对滞后，对马克思主义理论教育的理论体系、教学体系和课程体系之间的关系缺乏深入研究，马克思主义理论学科建设研究中还需要对马克思主义整体性完整准确把握，马克思主义理论体系等问题进行深入研究。马克思主义理论教学内容有重复，特别是与中学思想政治课程存在重复，其各门课程之间存在一定重复；在反映新的社会生活和吸收新的研究成果方面存在一定的滞后性，现实针对性不强。马克思主义理论师资队伍数量不足，专职教师人数偏少，教师队伍整体素质有待进一步提高，特别是优秀中青年学术带头人明显缺乏。同时，一部分教师在讲授知识并没有对马克思主义抱有“真信、真教”态度，教师科研项目和资金不受重视。
马克思主义理论教育教学方式方法比较单一，学生学习的积极性和主动性不高不强。马克思主义理论教育出现的问题深层次原因剖析当代中国的大学生出生于和平年代，成长于改革开放市场经济浪潮中，大多数学生世界观、人生观、价值观不成熟，不同程度地出现以自我为中心和现实主义、功利主义的倾向。作为高校马克思主义理论教育的接受主体，在学习过程中，表现出严重的被动学习的状况，其原因是多方面的，还存在更深层次的原因，主要可归结为：宏观教育环境的变化，加大了高校马克思主义理论教育的难度。我国社会总体上正处于社会转型期，价值观念失范和文化变迁导致的社会文化多样性给高校马克思主义理论教育带来的挑战。
社会转型过程中，在社会成员的思想和观念上，表现为多重因素的共存导致了价值观念的沟通、交融、摩擦和冲突，形成了社会成员对价值标准无原则的宽容和认同，另外社会大众文化多样性需求对高校马克思主义理论教育的冲击也很大；微观学生个体的变化，影响了高校马克思主义理论教育的效果；教育媒介影响——市场经济、网络的影响；对马克思主义缺乏科学的认识。提高马克思主义理论教育质量成效的策略马克思主义理论教育在我国高校思想政治教育中居于不容置疑的指导地位。但马克思主义思想在大学生的头脑中决不会离开教育和灌输而自发产生，必须经过长期不懈的教育才能达到德育育人目标，提高马克思主义理论教育质量成效的根本途径就是改革教育体制，创新教育内容，拓展教育途径
