当前农村土地整治存在的问题立法问题。尽管2003年以来，国土资源部陆续颁布了一系列的政策文件和操作规范，但不可否认，从部门规范性文件到一套完善的土地整治法律法规体系，其间还有很大的距离需要跨越。系统梳理和总结已有的相关政策文件，切实加强土地整治的立法工作，是当前土地整治管理工作中一项十分紧迫和极其重要的任务，一部全国性的土地整治法律法规也需要尽快从幕后走到台前。资金问题。搞好土地整治，需要“真金白银”和实实在在的投入。因此，必须建立稳定的资金渠道，才能充分保障新农村建设中土地整治工作的顺利开展。《土地管理法》以法律形式确定了新增建设用地有偿使用费和耕地开垦费等资金主渠道，保证了对土地整治的长期稳定投入。从2007年起，按照国家加强土地调控的要求，国家又将新增建设用地有偿使用费提高了一倍，进一步扩大了资金规模。同时，国家要求将土地出让金纯收益的15%用于农业土地开发，又进一步拓宽了土地整治资金渠道。但目前所投入土地综合整治的资金一个明显特点就是全部由国家无偿投入。
今后一段时期，需要在稳定现有的资金来源渠道的基础上，进一步完善土地整治资金投入机制。应考虑研究建立合适的融资机制，将目前大量的社会闲散资金引入到土地整治工作中来，提高土地综合整治资金来源的社会化程度。另外，还有必要研究完善土地整治资金的投入使用程序和使用监管机制，促进资金更加合理使用，并得到有效监管，不被挪用、滥用及其他违法违规使用，切实保证土地综合整治资金的使用效果。协同问题。农村土地整治内容丰富、涉及国土、规划、建设、农业、水务、交通、环保等众多部门，如何建立有效的合作联动机制，加强各相关部门之间协作，提高土地整治工作效率，也是需要研究的重要问题。绩效考评问题。当前，土地整治的绩效评价工作仍是一个薄弱环节，从而导致土地综合整治中出现“偷工减料”、“重过程，轻结果”、“重形象，轻实效”等问题。因此，土地整治工作的绩效考核评价问题值得深入研究，更加科学、合理和更能从分发挥激励-约束导向作用的绩效评价考核标准体系亟待建立。构建土地整治机制加强立法和规划工作，完善土地整治法律法规体系。首先需要进一步完善土地整治立法工作，包括尽快制定全国性的土地整治条例和系列配套性的实施办法，夯实土地整治工作的法制基础。其次，迫切需要科学规划，使土地整治规划与土地利用总体规划、城乡建设总体规划相衔接。同时，还应当科学制定新农村建设规划和土地整治计划。现阶段，由于农村土地整治与新农村建设密不可分，因此农村土地整治必须建立在新农村建设规划基础上，通过具体项目的实施向新农村的总体目标迈进。拓宽融资渠道，建立稳定的土地整治资金筹集机制。搞好土地综合整治，必须建立稳定的资金投入渠道。要坚决落实政府各类土地收益用于“三农”的规定，充分利用好新增建设用地土地有偿使用费、土地出让金用于农业土地开发部分、耕地开垦费及土地复垦费、耕地占用税等各方面资金，并严格收缴，严格按规定用途整合使用，加强督查，使之成为政府支持土地整治、支撑新农村建设可持续发展的资金源泉。
切实落实财政部、国土资源部联合下发的《关于加强土地整治相关资金使用管理有关问题的通知》的内容和要求。在发挥政府作为土地整治资金投入主渠道作用的同时，还要积极探索创新，形成多元投入的机制,按照“谁开发、谁受益”的原则，农村集体筹集一部分，鼓励农民投工投劳,吸收社会资金,鼓励具有一定资质的企业参与土地整治,充分调动各方面的土地整治积极性，对通过土地综合整治增加的耕地，可实行政府收购制度。同时应整合各项支农资金，将农村交通、水利、农业综合开发等各项涉农资金与土地开发整理资金统筹用于村庄整理和新农村建设项目，提高资金使用综合效能，同时强化专项资金管理，完善资金监督检查制度。可以考虑结合中央提出的“加快推进农村金融改革”的要求，创新设计金融工具，进一步拓宽土地整治工作的资金来源渠道。促进取得实效，建立科学合理的绩效考核评价机制。土地整治工作除了“事前规划和计划”、“事中实施和监督”外，还有一个必不可少的环节，就是“事后评价和管理”。因此，应建立各级土地管理部门和相关单位共同实施的严格的土地整治绩效监督评价机制。按照“设置合理、操作可行、评价充分，科学考核”的原则建立土地整治绩效考核评价指标体系及评价考核专家库，同时配套制定相应的奖惩和激励约束机制。通过定期对土地整治项目执行情况进行考核评估，加强土地整治工作实施开展的动态监测与跟踪分析，及时发现和解决存在的问题，总结经验和教训，提出改进建议和措施。在土地整治绩效考核评价中，还应该注意发挥群众和团体的积极作用。提高参与各方积极性，建立科学有效的激励导向机制。土地整治工作的参与主体众多，包括各级地方政府、农村集体和农民、项目施工企业、社会投资参与单位等等。这些参与主体的积极性是否能发挥好以及能否持续保持下去，关系到土地整治是否能取得真正的成效及能否可持续开展，因此，必须调动各参与主体的积极性。这之中，建立科学有效的激励机制至关重要。对于地方政府，应该根据其所辖区域内的耕地面积、承担和开展土地整治工作的规模及成效等因素，在土地整治专项资金分配上体现出差别和鼓励扶持倾向；对于农村集体和农民群众，最基本的要求是不能因土地整治给他们增加额外经济负担，同时要让他们在土地整治中获得实惠；对于土地整治项目施工单位，主要是通过招投标的方式选择，但同时考虑到要保证工程质量，不能一味地压低土地整治工程承包价款。
对于社会投资主体，应从政策上加以鼓励，最重要的是要为他们设计合理投资回报渠道，如优先考虑社会投资主体对建设用地需求及探索实行土地整治股份制的模式。充分维护农民利益，建立健全公众参与和法律援助机制。一是要在整个土地整治过程中,应让农民享有充分的知情权、参与权、建议权和监督权。二是维护好农民的土地承包经营权和宅基地权利，特别是要做好农村土地综合整治后各项土地权益的分配工作，按照“公开、公平、公正”原则开展工作并接受社会广泛监督，提供充分有效的法律咨询和法律援助救济服务，严格防止各种侵犯与损害农民和集体合法土地权益的行为发生。
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