民事补偿是一方当事人因侵权行为而向遭受损害的另一方当事人负担的补偿责任。世界各国行政补偿制度的早期阶段都借鉴民事补偿理论（如归责原则、构成要件），适用民事补偿的程序。民法通则第121条也将国家机关及其工作人员执行职务过程中的侵权行为规定为一种特别的民事侵权行为，确立了国家的民事补偿责任。在国家补偿法实施以前，国家补偿都是根据民事补偿的标准和程序处理的。因此，民事补偿与行政补偿之间存在着密切的联系。但是，两者之间也存在着一些区别，表现在：
1、主体不同。行政补偿是国家向公民个人负担的补偿责任，形成的是国家与公民之问的法律关系；而民事补偿责任是公民个人向公民个人负担的补偿责任，形成的是公民与公民之间的法律关系。
2、原因不同。行政补偿的原因是行政侵权行为，而民事补偿的原因是民事侵权行为。行政侵权行为是行政机关及其工作人员在行使职权过程中实施的侵害公民合法权益的行为，是国家权力的作用；而民事侵权行为既没有“行政机关及其工作人员”这一主体方面的限定，也没有“行使职权过程中”这一限定。
3、范围不同。民事补偿的范围大于行政补偿的范围。行政补偿的原因行为、损害的范围由国家补偿法作了限定，国家并不对全部的侵权行为都负担补偿责任，也不对行政侵权行为所造成的全部损害都要补偿，而只补偿行政侵权行为对人身权和财产权造成的最低限度的直接损害。与此不同，民事补偿存在于全部的民事侵权行为，民事侵权行为人不但要全额补偿给受害人的各种合法权益造成的直接损害，而且要补偿一定的可得利益的损失即补偿间接损失。
4、归责原则不同。民事补偿责任的归责原则以不对责任原则为主、危险责任原则为辅；而行政补偿责任的归责原则多种多样，有的国家实行不对责任原则，有的国家实行公务不对责任原则，有的国家实行违法原则。
5、程序不同。解决民事补偿纠纷的程序是仲裁、民事诉讼；而解决行政补偿争议的程序是行政处理程序、行政复议程序和行政诉讼程序。
6、依据不同。行政补偿是公法上的法律责任，其法律依据是行政诉讼法、国家补偿法等公法法律规范；而民事补偿是私法上的法律责任，其依据是民法通则等私法法律规范。
